rep0ooo

rep0ooo

Rパッケージソースからインストール {Gviz}

これは

 次世代シーケンサーRNA-seqデータ TophatからのCufflinks系で解析する時に

Cummerbundで単一遺伝子ずつの可視化がしたい 

  そのときにGvizもいっしょにインストールされるがマウスはmm9に設定されるので

mm10に対応してない(はず)ので困った というときに。。。

 

BiconductorでGvizのSource codeをダウンロードします

Bioconducorとは生物統計・バイオインフォマティクス向けの機能を集めたソフトウェアパッケージです。

 

 

windows7-64bit機

Rtoolsをインストール

C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin

Rのパスが求められるのでこれにしました

windows環境変数を追記f:id:rep0ooo:20140724001426p:plain

 

f:id:rep0ooo:20140724001605p:plain

c:\Rtools\bin;

c:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;

C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin

 

再起動する

 

 

ソースからインストールできる。

 

BioconductorからGvizのソースをダウンロードして

mm9をmm10に書き換えたあと

tar.gzに圧縮。圧縮はラボにあるワークステーション

  tar zcvf Gviz.tar.gz Gviz

 というコマンドでいけます

 

Windows機のCMDで

R CMD install Gviz.tar.gzでinstallできる

 

修論のときにできたことを忘れてたので次から忘れないようにメモ

 

溜まっていくTodoリスト

溜まっていく物欲

 本が欲しいあとMac

 

 

そういえばggplot2の仕様が変わっただけなんかな

ExpressionBarplotができない、、、、まああとでいいか

 

-----------------------------------------------------------------------

今週末誕生日です!!もしよろしければよろしくお願いします。

アフィリエイトではなく”ほしい物リスト”ですので買っていただいたものが私へのプレゼントができます

(諸事情で学振申請さえしなかった学生なのです…。)

http://www.amazon.co.jp/gp/registry/wishlist/1LQBYU2X1Z65D/