Rパッケージソースからインストール {Gviz}
これは
次世代シーケンサーのRNA-seqデータ TophatからのCufflinks系で解析する時に
Cummerbundで単一遺伝子ずつの可視化がしたい
そのときにGvizもいっしょにインストールされるがマウスはmm9に設定されるので
mm10に対応してない(はず)ので困った というときに。。。
BiconductorでGvizのSource codeをダウンロードします
Bioconducorとは生物統計・バイオインフォマティクス向けの機能を集めたソフトウェアパッケージです。
windows7-64bit機
Rtoolsをインストール
C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin
Rのパスが求められるのでこれにしました
c:\Rtools\bin;
c:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;
C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin
再起動する
ソースからインストールできる。
BioconductorからGvizのソースをダウンロードして
mm9をmm10に書き換えたあと
tar.gzに圧縮。圧縮はラボにあるワークステーションで
tar zcvf Gviz.tar.gz Gviz
というコマンドでいけます
Windows機のCMDで
R CMD install Gviz.tar.gzでinstallできる
修論のときにできたことを忘れてたので次から忘れないようにメモ
溜まっていくTodoリスト
溜まっていく物欲
本が欲しいあとMac
そういえばggplot2の仕様が変わっただけなんかな
ExpressionBarplotができない、、、、まああとでいいか
-----------------------------------------------------------------------
今週末誕生日です！！もしよろしければよろしくお願いします。
アフィリエイトではなく”ほしい物リスト”ですので買っていただいたものが私へのプレゼントができます